中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院（深圳）農(nóng)業(yè)基因組研究所（以下簡稱“基因組所”）創(chuàng)建于2014年，是農(nóng)業(yè)農(nóng)村部和中國農(nóng)科院在科技體制改革的背景下，整合農(nóng)業(yè)基因組學(xué)研究力量在深圳成立的新型研究所。

成立以來，基因組所貫徹落實習(xí)近平總書記“三個面向、兩個一流”的指示精神，深入開展科研自主權(quán)改革試點工作，被列為中國農(nóng)科院現(xiàn)代院所改革的“試驗田”，建設(shè)了由中國農(nóng)科院與深圳市主管領(lǐng)導(dǎo)任共同理事長的理事會，組建了包含國家杰青等30余位高層次人才在內(nèi)的近600人的研究隊伍，建設(shè)了以組學(xué)技術(shù)為核心、輻射農(nóng)業(yè)、食品和生態(tài)方向的學(xué)科體系，獲批“嶺南現(xiàn)代農(nóng)業(yè)廣東省實驗室深圳分中心”“農(nóng)業(yè)農(nóng)村部農(nóng)業(yè)基因數(shù)據(jù)分析重點實驗室”等創(chuàng)新載體，在Science、Nature、Cell等雜志上發(fā)表SCI論文300多篇，以基因組設(shè)計育種育成國審、省審新品種20余個，農(nóng)業(yè)基因組學(xué)等研究領(lǐng)域占據(jù)世界前沿。2020年自然指數(shù)排名全國農(nóng)業(yè)類科研院所第一名，多項成果入選“十三五農(nóng)業(yè)科技標(biāo)志性成果”“2019年中國生命科學(xué)十大進展”，先后獲得“何梁何利基金”獎、“周光召基礎(chǔ)科學(xué)獎”“深圳經(jīng)濟特區(qū)建立40周年創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)和先進模范人物”等獎勵。